La Pontificia Universidad Católica de Chile (UC) adquiere un terreno en un fantástico promontorio rocoso expuesto al oleaje en la localidad de Las Cruces, un pequeño pueblo en la costa central de Chile
Cientificos liderados por los profesores Juan Carlos Castilla y Patricio Sanchez decidieron cerar 1km de costa rocosa y fondo marino adjacente, justo frente a lo que seria el nuevo laboratorio, con la idea de impeder todo tipo de intervencion humana directa. De esta manera crearon una de las primeras areas marinas protegidas de Chile y del mundo.
Se inaugura oficialmente la Estación Costera de Investigaciones Marinas UC, con infraestructura básica para permitir estadías de profesores y estudiantes y con laboratorios de investigación con acceso a agua de mar, construidos gracias a un proyecto del International Development and Research Center (IDRC) de Canadá destinado a desarrollar el cultivo de erizos rojos para repoblamiento. Este año se solicita la Concesión de Playa y Fondo de Mar a la Subsecretaría de Defensa para poder realizar investigación científica en un sector de costa sin intervención humana directa.
El histórico experimento de exclusión humana aportó algunas de las primeras evidencias científicas de que los humanos están alterando profundamente los ecosistemas marinos de todo el mundo. Esta evidencia inspiró la creación de áreas marinas protegidas en muchas regiones del mundo. Este transcendental estudio del Profesor Castilla permitió proponer un novedoso sistema de co-manejo de recursos, en el cual sectores de costa son asignados exclusivamente a asociaciones (sindicatos) de pescadores artesanales para co-manejar recursos bentónicos. Estos resultados fueron incorporados a la Ley de Pesca y Acuicultura de 1991, legislación chilena que creó las Áreas de Manejo y Explotación de Recursos Bentónicos (AMERB’s), el mayor sistema del mundo de lo que se conoce internacionalmente como Derechos de Uso Territorial en la Pesca.
El proyecto de Cooperación Italiana (CICS EULA) para el manejo de recursos costeros y gestionado por el Decano Renato Albertini, permitió renovara la infraestructura de laboratorios y oficinas con un nuevo edificio, el que hoy todavía alberga buena parte de los investigadores residentes y oficinas administrativas de ECIM.
A través del decreto No 107 de la Subsecretaria de Marina del 22 de abril del 2005 y luego de 22 años de exclusion de impacto humano directo, se decreta esta reserva de ECIM en Las Cruces como Area Marina Costera Protegida (AMCP) de Chile "con el objeto de colocar bajo protección oficial" este sector de costa y son entregados en concesión a ECIM y la Pontifificia Universidad Católica de Chile, "con el fin de establecer una gestión ambiental integrada sobre la base de estudios e inventarios de sus recursos y una modalidad de conservación in situ de los ecosistemas y los hábitat naturales, a fin de alcanzar objetivos específicos de conservación".
Uno de los momentos significativos en la historia de ECIM fue la creación de la carrera de Biología Marina en la Facultad de Ciencias Biológicas UC. ECIM se convirtió en la principal unidad académica para dictar, a través de programas teórico-prácticos, cursos de biología marina y oceanografía.
La universidad inauguró un moderno edificio que cuenta con auditorio y salas de clases con red de agua de mar, especialmente diseñadas para la enseñanza de la biología marina. El laboratorio de docencia constituye una de las mejores instalaciones para docencia en biología marina de todo el mundo.
Como parte de la colaboracion con cientificos españoles del Consejo Superior Investigaciones Cientificas (CSIC) a través del Laboratorio Internacional en Cambio Global (LINCGlobal), se inaugura un módulo de edificio dedicado a investigacion y colaboración internacional, el que incluye laboratorio, espacios de oficinas y una gran sala de reuniones.
La inauguración de un nuevo edificio de alojamientos, que reemplazó a las viejas cabañas de alojamiento y cocina, así como una sala multipropósito, consolida la moderna infraestructura de ECIM y permite ahora albergar no solamente investigadores, sino que también la realización de cursos de postgrado y talleres de trabajo nacionales e internacionales.
ECIM pasa a formar parte de la Red de Centros y Estaciones Regionales UC (RCER)